天然药物研发中心，是学校建设福建省示范性现代职业院校的重点项目之一，主要包括天然药物预处理平台和分离纯化平台，现共有面积约140平方米。主要的仪器设备有Waters高压纯化系统，Biotage柱层析系统，浓缩蒸发系统，旋转蒸发仪，光照培养箱，总价值约200万元。主要开展天然产物的提取、分离与纯化技术、化合物结构鉴定和功能评价。中心是集科学研究、人才培养、学生创新创业培养于一体的研发平台。

中心聘请自然资源部第三海洋研究所产业处处长汤熙翔研究员作为本中心客座教授。与汤熙翔研究员科研团队共建“海洋生物资源与功能制品研发实验室”，主要研发海洋功能制品、新资源食品、海洋中药、海洋微生物资源等。

近年针对福建及海西地区丰富的特色动植物资源，特别是中草药和海洋动植物方面，课题组成员开展了一系列的研究。近三年获得市厅级以上课题6项，资助金额40余万元，发表相关论文10余篇。2018年指导学生为第一作者发表核心论文1篇。指导学生参加学校“2020年大学生创新创业大赛（A组）”获得一等奖。指导学生参加大学生基础医学创新研究暨实验设计比赛：2021年获省级三等奖2项和优秀奖2项，2022年获省级二等奖2项和国家级铜奖2项，2023年获省级二等奖2项和国家级铜奖2项。