药学院前身为药学系，成立于2006年。学院综合实力、办学水平、专业规模、团队建设、教学条件、科研平台及社会服务能力建设位居全省同类院校前列。学院设有药学、中药学、药品经营与管理、药品生产技术、药品质量与安全五个专业，药学专业为国家级骨干专业、省级精品专业、省级示范专业。设置化学与药物化学、药物制剂技术、药物分析、药理学、药品经营与管理、药品生产技术、中药学和实验实训八个教研室。

学院师资力量雄厚，拥有一支紧贴行业需求的高水平专兼结合“双师”教学团队。学院现有专任教师53人，实验教师7人；其中正高级职称3人，副高级职称19人，副高以上职称占比36.7%；博士8人，占比15.1%，硕士44人，占比83%；师资队伍结构合理，教科研能力强。有省级职业教育教师教学创新团队1个，省级教学团队1个，省级教学名师1名，省级专业带头人2名，市级专业带头人1名，市级优秀“双师型”教师1人，市级名师工作室1个。近五年，药学院承担校级及以上科研、教研项目78项，获实用新型专利9项；教师发表教科研论文202篇，其中SCI论文43篇，中文核心论文76篇。主编参编专业教材40部，其中1部教材入选“十四五”职业教育国家规划教材。教师参加全国食品药品类职业院校微课比赛获一等奖2项，二等奖2项，三等奖6项；福建省职业院校教师教学能力比赛三等奖7项；中国发明展览会“发明创业奖-项目奖”银奖2项。指导学生荣获国家级一等奖3项，国家级二等奖5项，国家级三等奖4项，省级一等奖3项，省级二等奖14项，省级三等奖25项，福建省“互联网＋”创新创业大赛职教赛道铜奖1项。

学院教学实训条件先进，设施设备完善。学院现有药物化学实训室、药物分析实验室、气相色谱室、液相色谱室、药物制剂实验室、药品经营与管理综合实训室、中药理实一体实训室、生物发酵制药车间、GMP仿真车间、模拟药房等，校内实训基地总面积约：4600m²，设备总值约：2581万元。配有液相色谱-质谱联用仪、气相色谱-质谱联用仪、高效液相色谱仪、原子吸收分光光度计、气相色谱仪、红外色谱仪、流式细胞仪、高压均质机、毛细管电泳仪、薄层扫描仪和显微镜等一批先进的精密仪器设备。拥有中央财政支持的高等职业教育实训基地1个，省财政支持的高等职业教育实训基地1个，省级高职院校生产性实训基地1个，省级高水平产教融合实训基地1个，省级教育改革试点项目1个，省级高等职业教育教学改革综合试验项目1个，省级产业学院1个，市级产教融合实训基地1个。

学院依托专业建设指导委员会，与泉州医高专附属人民医院、福建医科大学附属第二医院等39家医疗机构和东南医药集团、福建盛迪医药公司、厦门万泰沧海生物技术有限公司等50余家行企业签订实训基地协议。实施了“三对接”的人才培养路径、执行了“社区见习-课间见习-顶岗实习”递进式的工学结合模式，与药品生产企业、医药公司、连锁药房、科研院所开展深度合作。2013年福建太平洋制药有限公司捐赠制药设备建立校内制药设备维修与养护车间；2014年在东南医药集团建立医学生职业道德教育实践基地；2016年在东南医药集团建立双师型教师培养培训基地；2018年在泉州市食品药品检验所建立双师型教师培养培训基地；2022年与晖致医药有限公司共建晖致班。

学院积极推进“校企深度合作、全程职业模拟”的工学结合人才培养模式，以“就业为导向、能力为本位”的指导思想进行教学改革，构建了由惠世医学人文课程模块、公共基本素养模块、专业基础课程模块、专业核心课程模块、专业拓展课程模块、技能应用模块构成的“六模块”教学课程体系。近年来学院大力加强内涵建设，教学成果丰硕：获评国家级骨干专业2个，省级精品专业1个、省级示范专业1个，国家级实训基地1个，省级实训基地2个，省级特色专业群1个、省级教育教学改革综合试验项目1个，省级教师教学创新团队1个，省级产业学院试点项目1个，省级教学成果奖二等奖1项，省级精品课程3门，省级“课程思政”教育教学改革精品项目1个，全国“1+X”证书考核站点2个。

药学院秉承“明德弘药，聚才兴学”院训，落实立德树人根本任务，聚焦内涵发展，突出质量提升，创新“新医科”背景下的人才培养体制机制和思路，培养了一批在药品研发、生产、检测、流通和使用等多个领域具有较强岗位胜任力的高质量技术技能人才。截至2024年，已为社会培养了专科层次毕业生七千余名，毕业生具有较强的岗位技能和综合能力，受到用人单位的欢迎和好评。