泉州医学高等专科学校基础医学部成立于2006年，目前下设8个教研室：人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、病理学、病原生物学与免疫学、细胞生物学与医学遗传学7个学科教研室及1个实验实训教研室。

现有专任教师50名，其中教授6名，副教授18名，讲师7名，助教19名，高级职称占比48%，拥有硕士研究生及以上学历人员43人（其中博士7人），占专任教师的86%，校级骨干教师18人，双师型教师14人，校级精英教师1人，形成一支结构较为合理的以中青年教师为主体的教学梯队。

基础医学部建有省级精品课程3门：《病原生物与免疫学》、《人体解剖学》、《病理学》；省级精品在线开放课程1门：《病原生物学与免疫学实验课程》；校级精品在线开放课程4门：《生理学》、《人体解剖学》、《生物化学》、《感官与病理学》。2018年以来由基础医学部教师作为主编、副主编主持各类国家级规划教材共有8部、省级教材1部；参编各类国家级规划教材4部；同时编写配套学习指南与实验指导1部。

目前基础医学部教师承担的在研课题33项，其中：市厅级20项,校级13项。2018年以来共发表文章109篇，其中SCI文章9篇，权威期刊23篇，核心期刊35篇。              

基础医学部现有各类实验实训室、研究室约8500㎡，相关的仪器设施约2700多万。拥有生命科学馆、基础医学数字化教学平台、仿真P2实验室、机能实验室、分子生物学研究室、天然药物研发中心等现代化教科研条件，极大保障了基础医学部教科研活动的开展。

基础医学部建有泉州市科普教育基地--生命科学馆。该馆位于基础实验楼二楼，是集教学、科研、社会服务为一体的综合性展馆。馆内以人体解剖学为主体，兼顾组织与胚胎学和病理学等学科为辅，收藏展品1000余件，通过标本展示、互动、体验等方式让“敬畏生命，尊重生命”的理念深入人心。自2019年开始基础医学部通过主题开放日等形式，面向社会大众开展科普活动，参观人员达5000多人次，获多家媒体报导，取得很好的社会声益。2019年6月被评为泉州市“我最喜爱的十佳科普教育基地”。

借助生命科学馆，自2020年起每年为全校入学新生开展“认识生命 敬畏生命”的医学人文教育活动，四年近万人次。通过以赛促学、以赛促教，组织学生开展医学科普大赛、生命科学馆讲解比赛、讲师小课堂竞赛、人体解剖学绘图大赛、大学生病原生物与免疫实验技能竞赛、微生物培养皿绘图比赛、病理标本观察及诊断技能竞赛、大学生基础医学创新研究暨实验设计比赛等多项学科技能竞赛，并选送优秀项目参加全国比赛，屡获佳绩。自2021年至2023年，在全国大学生基础医学创新研究暨实验设计论坛高职高专组比赛中，获全国总决赛银奖1项，铜奖6项。