基础医学部成立于2006年，以本科基础医学学科体系来组建教研室，目前下设8个教研室：人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、病理学、病原生物学与免疫学、细胞生物学与医学遗传学7个学科教研室及1个实验教研室。筑牢了我校基础医学知识体系的教学基础，为升格本科提供良好基础。

承担学校所有专业的基础医学课程。现有专任教师50名，有来自北大、浙大、中国科学院的硕博士、哈佛的博士后。其中教授7名，副教授17名，高级职称占比48%，拥有硕士研究生及以上学历人员占专任教师的86%，68% 教师具备医学背景。

依据一校两区规划，基础医学部的教学主要在南安校区，洛江校区着力于科普和科研。在南安校区现有基础学科实验室约15，000㎡，相关的仪器设备值约2700多万，为升本专业人才培养奠定了坚实的基础。

在洛江校区有3个研究室（天然药物研发中心、分子生物学研究室、病理学研究室），超 1000 平方米，科研设备价值约 648 万。借助科研平台，在学生培养中借鉴本科的导师制，开展研究型教学，培养学生的科研精神与创新能力。科研平台也为教师科研工作提供有力支持。